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Las dos principales funciones del sistema gastrointestinal son la nutricional (en él se digieren y se absorben los nutrientes) y la defensiva (reconoce elementos foráneos y desarrolla sistemas de prevención frente al mundo exterior).

Se ha demostrado que ambas funciones no dependen sólo de las estructuras propias del tubo digestivo, sino  también de la presencia y actividad de las comunidades microbianas (microbiota) que colonizan el intestino. Ésta microbiota puede considerarse un órgano más, integrado de manera perfecta en la fisiología de cada individuo. Hay que tener en cuenta que nuestro organismo alberga 10 veces más bacterias que células humanas.